フロリゲンが見つからないのは、そのようなものは存在しないからだという考えもある。フロリゲンを仮定しない花成制御仮説がいくつかある。複数の植物ホルモンその他の物質が共同して花成を調節しているという多要因説、阻害物質によるという説、物質を想定しない信号伝達による説がある。