コア・ステーション制度は、学部、研究科等の既存の学内組織にとらわれない本学の教員等のグループが、高度な大学教育プログラムの開発や卓越した研究拠点の形成を目指して行う教育・研究活動を、申請に基づき学長が認定する制度です。

理学部教員が代表を務めるものは以下の通りです（括弧内は事業代表者）。

研究統括機構附置

• 量子研究センター（淺賀岳彦教授）

自然科学系附置

• 地球環境・地球物質科学センター（豊島剛志教授）
• 形の科学研究センター（松岡篤教授）
• ユビキタスグリーンケミカルエネルギー連携教育研究センター（俣野善博教授）
• 新潟大学GISセンター（奈良間千之教授）